古埃及的象形文字也有顯示, 種於水中而並非泥土的植物, 公元1150年古代墨西哥的阿茲特克帝國對水耕形式的浮水花園 chinampa 更有清晰記載, 馬可勃羅也於 "馬可勃羅遊記" 中提及在中國的水耕種植.
現代的水耕於1930年由加州大學的 W.F. Gericke 開始生產番茄, 甜菜, 紅蘿蔔, 薯仔與各式水果和花卉, 而美國在二次大戰其間在太平洋一小島上成功為駐軍生產新鮮蔬菜, 促使戰後各大學紛紛進行水耕技術的廣泛研究.
1945-1960年間, 歐洲國家深感水耕的優點適合寒冷天氣, 貧瘠土地和低降雨量地區, 荷蘭, 西班牙, 法國, 德國, 英國, 瑞典甚至以色列等相繼投入推廣的行列.
得益於近代照明, 消毒, 顯微放大等各科技領域的急速發展, 水耕技術有如虎添翼之勢, 愈來愈受到重視. 日本的植物工廠概念, 更翻開了革命性的新一頁.
如今, 水耕種植可說是遍地開花, 由沙漠以至南極, 從地底以至太空, 都是無土種植的樂園.